医学統計とプログラミング ## 更新履歴 `2026-09-25` [[Stata - Poisson回帰]] を追加 `2026-09-25` [[R - Poisson回帰をやってみよう]] を追加 `2026-09-25` [[ポアソン分布とは]] を追加 > [!drill] [[Rドリル/000 - はじめに（使い方と目次）|R 100本ドリル]] > R の起動から終了まで、ターミナルで手を動かして覚える練習帳です。1問1記事、全100問あります。番号を押すとその問題に飛びます。 > > | 章 | 問題 | > |---|---| > | 第0章 起動と環境 | [[Rドリル/001 - Rを起動する\|1]] [[Rドリル/002 - 計算して動作を確かめる\|2]] [[Rドリル/003 - 変数に代入して中身を表示する\|3]] [[Rドリル/004 - Rのバージョンを確認する\|4]] [[Rドリル/005 - 作業フォルダを確認する\|5]] [[Rドリル/006 - 作業フォルダを変更する\|6]] [[Rドリル/007 - いまあるオブジェクトの一覧を見る\|7]] [[Rドリル/008 - オブジェクトを1つ消す\|8]] [[Rドリル/009 - すべてのオブジェクトを消す\|9]] [[Rドリル/010 - Rを終了する\|10]] | > | 第1章 パッケージ管理 | [[Rドリル/011 - パッケージとは何か・導入済みか確認する\|11]] [[Rドリル/012 - パッケージをインストールする\|12]] [[Rドリル/013 - パッケージを読み込む\|13]] [[Rドリル/014 - 大学のネットワークからインストールする\|14]] [[Rドリル/015 - 関数の使い方をヘルプで調べる\|15]] [[Rドリル/016 - 導入済みパッケージを一覧する\|16]] | > | 第2章 ベクトルとデータ作成 | [[Rドリル/017 - c() で数値ベクトルを作る\|17]] [[Rドリル/018 - もう一つのベクトルを作る\|18]] [[Rドリル/019 - ベクトルの要素数を数える\|19]] [[Rドリル/020 - 連続した整数を作る\|20]] [[Rドリル/021 - 規則的な数列を作る\|21]] [[Rドリル/022 - 同じ値をくり返す\|22]] [[Rドリル/023 - ベクトルどうしで計算する\|23]] [[Rドリル/024 - 平均を求める\|24]] [[Rドリル/025 - 合計・最大・最小を求める\|25]] [[Rドリル/026 - ばらつきを求める\|26]] [[Rドリル/027 - 文字のベクトルを作る\|27]] [[Rドリル/028 - 条件で真偽のベクトルを作る\|28]] [[Rドリル/029 - ベクトルに名前をつける\|29]] [[Rドリル/030 - ベクトルの一部を取り出す\|30]] | > | 第3章 データフレーム | [[Rドリル/031 - data.frame で表を作る\|31]] [[Rドリル/032 - 表の構造を見る\|32]] [[Rドリル/033 - 先頭と末尾を見る\|33]] [[Rドリル/034 - 行数と列数を調べる\|34]] [[Rドリル/035 - 列の名前を見る\|35]] [[Rドリル/036 - 要約統計を見る\|36]] [[Rドリル/037 - $ で列を取り出す\|37]] [[Rドリル/038 - 行と列を位置で取り出す\|38]] [[Rドリル/039 - 条件に合う行を取り出す\|39]] [[Rドリル/040 - 新しい列を追加する\|40]] | > | 第4章 R ベースで抽出・集計 | [[Rドリル/041 - 組み込みデータ iris を呼び出す\|41]] [[Rドリル/042 - iris の構造を確認する\|42]] [[Rドリル/043 - 列を取り出す\|43]] [[Rドリル/044 - 条件で行を絞る\|44]] [[Rドリル/045 - 複数条件で絞る\|45]] [[Rドリル/046 - subset で分かりやすく絞る\|46]] [[Rドリル/047 - 必要な列だけ選ぶ\|47]] [[Rドリル/048 - 値の大きい順に並べ替える\|48]] [[Rドリル/049 - 計算した新しい列を加える\|49]] [[Rドリル/050 - 種類ごとの個数を数える\|50]] [[Rドリル/051 - グループごとの平均を求める\|51]] [[Rドリル/052 - グループ別に集計する\|52]] [[Rドリル/053 - 列ごとに一括計算する\|53]] [[Rドリル/054 - 各列に関数を適用する\|54]] [[Rドリル/055 - 欠損値を確認する\|55]] [[Rドリル/056 - 欠損のない行を調べる\|56]] [[Rドリル/057 - 欠損のある行を除く\|57]] [[Rドリル/058 - 因子(factor)と水準を理解する\|58]] | > | 第5章 tidyverse で再現 | [[Rドリル/059 - tidyverse を読み込む\|59]] [[Rドリル/060 - データを tibble にする\|60]] [[Rドリル/061 - 行を絞る\|61]] [[Rドリル/062 - 複数条件で行を絞る\|62]] [[Rドリル/063 - 列を選ぶ\|63]] [[Rドリル/064 - 列を作る・計算する\|64]] [[Rドリル/065 - 並べ替える\|65]] [[Rドリル/066 - 大きい順に並べ替える\|66]] [[Rドリル/067 - 要約する\|67]] [[Rドリル/068 - グループごとに要約する\|68]] [[Rドリル/069 - パイプ %>% でつなぐ\|69]] [[Rドリル/070 - ネイティブパイプを使う\|70]] [[Rドリル/071 - 個数を数える\|71]] [[Rドリル/072 - 重複を除く\|72]] [[Rドリル/073 - 列名を変える\|73]] [[Rドリル/074 - 先頭の数行を取り出す\|74]] [[Rドリル/075 - 一つの列をベクトルで取り出す\|75]] [[Rドリル/076 - 列の並び順を変える\|76]] [[Rドリル/077 - 条件で値を振り分ける\|77]] [[Rドリル/078 - 複数の列に同じ処理をする\|78]] [[Rドリル/079 - 二つの表をつなぐ\|79]] [[Rドリル/080 - データを縦長に変形する\|80]] | > | 第6章 可視化 | [[Rドリル/081 - 散布図を描く\|81]] [[Rドリル/082 - 軸ラベルとタイトルをつける\|82]] [[Rドリル/083 - 点を群で色分けする\|83]] [[Rドリル/084 - ヒストグラムを描く\|84]] [[Rドリル/085 - 箱ひげ図を描く\|85]] [[Rドリル/086 - 回帰直線を引く\|86]] [[Rドリル/087 - ggplot2を読み込んで土台を作る\|87]] [[Rドリル/088 - ggplotで散布図を描く\|88]] [[Rドリル/089 - 色で群を分ける\|89]] [[Rドリル/090 - 近似線を重ねる\|90]] [[Rドリル/091 - グループごとに分割表示する\|91]] [[Rドリル/092 - ラベルとテーマを整える\|92]] | > | 第7章 入出力と保存 | [[Rドリル/093 - CSVファイルを読み込む\|93]] [[Rドリル/094 - readr で速く読み込む\|94]] [[Rドリル/095 - データを CSV に書き出す\|95]] [[Rドリル/096 - グラフを画像ファイルに保存する\|96]] [[Rドリル/097 - ggplot の図を保存する\|97]] [[Rドリル/098 - オブジェクトをそのまま保存して読み戻す\|98]] [[Rドリル/099 - ネット上のデータを読み込む\|99]] [[Rドリル/100 - Rを閉じて作業を終える\|100]] | ## Stat > [!stat] > | テーマ | 記事 | > |---|---| > | 研究デザイン | [[主要評価項目の設定]]<br>[[生物統計における仮定とは]] | > | 指標と分布 | [[率・割合・比 を区別して使う]]<br>[[ポアソン分布とは]] | > | 一致度 | [[ICC を直感的に理解する]]<br>[[ICC を直感的に理解する（シミュレーション編、R版）\|シミュレーション編（R版）]]<br>[[ICC を直感的に理解する（シミュレーション編、Stata版）\|シミュレーション編（Stata版）]]<br>[[試薬の結果が一致しているか（置き換え）をみる]] | > | 平均への回帰 | [[平均への回帰と回帰希釈を直感的に理解する]]<br>[[平均への回帰と回帰希釈をシミュレーションで理解する]] | > | データの形 | [[long形式とwide形式]] | > | 検査・品質管理 | [[検体のランダム抽出をするとき]]<br>[[Stat - SPCと管理図の種類\|SPCと管理図の種類]] | ## Code ### はじめる | テーマ | [[R]] | [[Stata]] | |---|---|---| | 最初の一歩 | [[R - 超初心者編\|超初心者編]]<br>[[R - Rプログラムをコピペして動かそう\|Rプログラムをコピペして動かそう]] | [[Stata - 使い始めるかたへ\|使い始めるかたへ]]<br>[[Stata - 起動しよう\|起動しよう]] | | インストール | [[R - R のインストール\|R のインストール]]<br>[[R - RStudio のインストール\|RStudio のインストール]] | — | | 学内でのパッケージ導入 | [[R - 福井大学内での R パッケージのインストール\|福井大学内での R パッケージのインストール]] | [[Stata - 福井大学内でのパッケージインストール\|福井大学内でのパッケージインストール]] | | 作業ディレクトリ | [[R - 作業ディレクトリの設定と確認\|作業ディレクトリの設定と確認]] | [[Stata - 作業ディレクトリの設定と確認\|作業ディレクトリの設定と確認]] | | コードを保存する | [[R - スクリプトを保存しよう\|スクリプトを保存しよう]] | [[Stata - Doファイルをつくろう\|Doファイルをつくろう]]<br>[[Stata - Doファイルの確認\|Doファイルの確認]] | | データを消して始め直す | [[R - 環境をリセットしてみよう rm(list=ls())\|環境をリセットしてみよう rm(list=ls())]]<br>[[R - 読み込んだデータを全て削除する\|読み込んだデータを全て削除する]] | [[Stata - clear コマンド\|clear コマンド]] | | ヘルプ | — | [[Stata - ヘルプを活用する\|ヘルプを活用する]] | ### データを読む・見る | テーマ | [[R]] | [[Stata]] | |---|---|---| | 読み込み | [[R - エクセルファイルを読み込んでみよう\|エクセルファイルを読み込んでみよう]] | [[Stata - データを読み込んでみよう\|データを読み込んでみよう]]<br>[[Stata - データをつくって取り込もう\|データをつくって取り込もう]]<br>[[Stata - Doファイルからデータセットを作ろう\|Doファイルからデータセットを作ろう]] | | 表示 | — | [[Stata - 取り込んだデータを表示する\|取り込んだデータを表示する]]<br>[[Stata - データを抽出して表示する edit\|データを抽出して表示する edit]] | | 条件を指定する | [[R - True False について学ぼう\|True False について学ぼう]] | [[Stata - if での条件設定\|if での条件設定]] | | 変数の型とラベル | [[R - factor と numeric の違い\|factor と numeric の違い]] | [[Stata - ラベルを設定しよう\|ラベルを設定しよう]] | ### データを加工する | テーマ | [[R]] | [[Stata]] | |---|---|---| | 文字列の置換 | [[R - sub 関数での文字列置換\|sub 関数での文字列置換]] | [[Stata - 文字列を置換する\|文字列を置換する]]<br>[[Stata - 数値や文字列を変換する replace\|数値や文字列を変換する replace]] | | 日付 | [[R - エクセルの日付が数字になってしまったら\|エクセルの日付が数字になってしまったら]] | [[Stata - 日付の取扱\|日付の取扱]] | | 欠損値 | [[R - 複数変数から最初の非欠損値を取得する\|複数変数から最初の非欠損値を取得する]] | [[Stata - 欠損値\|欠損値]] | | 並べ替え・1人1行 | — | [[Stata - 並べ替える gsort\|並べ替える gsort]]<br>[[Stata - 同じIDの最初の行だけを取り出す\|同じIDの最初の行だけを取り出す]]<br>[[Stata - egen tag に if をつけて対象を絞る\|egen tag に if をつけて対象を絞る]] | | long 形式 | [[R - long 形式に変換してみよう\|long 形式に変換してみよう]] | [[Stata - MMRM用のlong形式データを整える\|MMRM用のlong形式データを整える]] | | データの結合 | [[R - データ結合の基本（merge）\|データ結合の基本（merge）]]<br>[[R - データ結合（tidyverse）\|データ結合（tidyverse）]] | — | | ランダム抽出 | [[R - シードを固定してランダムに抽出しよう\|シードを固定してランダムに抽出しよう]] | — | | 繰り返し処理 | — | [[Stata - ループ処理をしよう\|ループ処理をしよう]] | ### グラフ | テーマ | [[R]] | [[Stata]] | |---|---|---| | 準備 | [[R - ggplot2 のインストール\|ggplot2 のインストール]] | [[Stata - メニューからグラフを表示しよう\|メニューからグラフを表示しよう]]<br>[[Stata - グラフを表示せずに保存する\|グラフを表示せずに保存する]] | | ヒストグラム | — | [[Stata - ヒストグラムを作ろう\|ヒストグラムを作ろう]] | | 散布図 | [[R - ggplot2 で散布図を段階的に作ろう\|ggplot2 で散布図を段階的に作ろう]]<br>[[R - 散布図の各点にIDラベルを表示する\|散布図の各点にIDラベルを表示する]] | [[Stata - 散布図を作ろう\|散布図を作ろう]] | | フォレストプロット | [[R - ggplot2でフォレストプロットを作成する\|ggplot2でフォレストプロットを作成する]] | [[Stata - フォレストプロットを作成する\|フォレストプロットを作成する]] | | Bland-Altman plot | [[R - Bland-Altman plot をつくってみよう\|Bland-Altman plot をつくってみよう]] | — | ### 解析 | テーマ | [[R]] | [[Stata]] | |---|---|---| | 記述統計 | — | [[Stata - 簡単な統計量を計算しよう\|簡単な統計量を計算しよう]]<br>[[Stata - 簡単な分析をしよう\|簡単な分析をしよう]] | | 回帰係数 | [[R - 回帰係数を理解しよう\|回帰係数を理解しよう]]<br>[[R - factor と numeric の回帰分析での違い\|factor と numeric の回帰分析での違い]] | [[Stata - 回帰係数を理解しよう\|回帰係数を理解しよう]] | | 連続変数の扱い | [[R - 連続変数を群分けして解析しよう\|連続変数を群分けして解析しよう]] | [[Stata - スプラインで非線形の関連を可視化しよう\|スプラインで非線形の関連を可視化しよう]] | | 交互作用 | [[R - 交互作用項を理解しよう\|交互作用項を理解しよう]] | [[Stata - 交互作用項を理解しよう\|交互作用項を理解しよう]] | | 順序ロジスティック回帰 | [[R - 順序ロジスティック回帰を理解しよう\|順序ロジスティック回帰を理解しよう]] | [[Stata - 順序ロジスティック回帰を理解しよう\|順序ロジスティック回帰を理解しよう]] | | Poisson回帰 | [[R - Poisson回帰をやってみよう\|Poisson回帰をやってみよう]] | [[Stata - Poisson回帰\|Poisson回帰]] | | 混合効果モデル | [[R - 混合効果モデル を作ってみよう\|混合効果モデル を作ってみよう]] | [[Stata - 混合効果モデルの基礎\|混合効果モデルの基礎]] | | 生存時間解析 | [[R - 生存時間解析の基礎\|生存時間解析の基礎]]<br>[[R - カプランマイヤー法をマスターしよう\|カプランマイヤー法をマスターしよう]]<br>[[R - ハザード関数を手動計算で理解しよう\|ハザード関数を手動計算で理解しよう]]<br>[[R - Cox比例ハザードモデルの基礎\|Cox比例ハザードモデルの基礎]]<br>[[R - Cox比例ハザードモデルの発展\|Cox比例ハザードモデルの発展]] | [[Stata - 生存時間解析\|生存時間解析]] | | ROC解析 | — | [[Stata - ROC解析\|ROC解析]] | | 一致度（ICC） | [[R - ICC を計算してみよう（試薬評価研究）\|ICC を計算してみよう（試薬評価研究）]]<br>[[R - ICC を計算してみよう（評価者間一致研究）\|ICC を計算してみよう（評価者間一致研究）]] | — | | クラスター分析 | [[R - クラスター分析をしてみよう\|クラスター分析をしてみよう]] | [[Stata - k-meansクラスタリングのエルボー法\|k-meansクラスタリングのエルボー法]]<br>[[Stata - cluster stopでクラスタ数を比較する\|cluster stopでクラスタ数を比較する]] | | 感度分析 | [[R - フラグを使った感度分析\|フラグを使った感度分析]] | — | | 発生率の監視 | [[R - u-chartで発生率を監視しよう\|u-chartで発生率を監視しよう]] | — | ## 論文を書く > [!paper] > | テーマ | 記事 | > |---|---| > | 書きはじめる | [[論文 - まず自力で書いてみる\|まず自力で書いてみる]]<br>[[論文 - 原稿ファイルの構成と管理\|原稿ファイルの構成と管理]]<br>[[論文 - 目的と結果と結論をそろえる\|目的と結果と結論をそろえる]] | > | セクション | [[論文 - 各セクションの役割を守る\|各セクションの役割を守る]]<br>[[論文 - イントロダクションを組み立てる\|イントロダクションを組み立てる]]<br>[[論文 - 考察を組み立てる\|考察を組み立てる]] | > | 文章と図表 | [[論文 - 段落の大きさを揃える\|段落の大きさを揃える]]<br>[[論文 - 略語はなるべく使わない\|略語はなるべく使わない]]<br>[[論文 - 図表をわかりやすく作る\|図表をわかりやすく作る]] | > | 道具 | [[論文 - Wordと文献管理の使い方\|Wordと文献管理の使い方]]<br>[[Zotero - 引用管理の最低限の使い方]]<br>[[論文 - AIの利用について\|AIの利用について]] | > | 研究の進め方 | [[定期ミーティングの進め方]] | ## その他 - [[複数のPDFを対象に調べ物をするとき]] - [[Google Drive アプリのつかいかた]] - [[ChatGPT]] ## 作成中 [[データを抽出して表示する edit]] [[数字と文字列が混ざった列を扱う destring]] [[不要な列を削除する keep]] [[コメントアウト]] [[日付に変換する]] [[変数名の規則]] [[r(mean) での結果の取り出し]] [[ログを保存する]]